Chùa Minh Sơn là một ngôi chùa nổi tiếng ở Phú Yên. Đây là một trong bốn ngôi chùa nằm quanh núi Chóp Chài - nơi đã để lại nhiều câu chuyện truyền thuyết xung quanh việc tranh giành quyền bính giữa nhà Tây Sơn và nhà Nguyễn.
Chùa Minh Sơn còn có tên gọi khác là chùa Hang với ý nghĩa là một hang đá trên núi với những tảng đá to dựng thành vách có mái che kín đáo. Tương truyền rằng vào cuối thế kỷ XVIII, thiền sư Pháp Tạng, một nhánh của phái Thiền Lâm Tế đã đến ẩn tu và đắc đạo. Sau đó, các vị sư kế nghiệp đến trụ trì và tu hành ở đây gọi là chùa Tổ.
